1572 Enkhuizen verzet zich tegen de inquisitie en de tirannie van Alva.
Het verzet groeit. In Enkhuizen waren de verschillende geloven lange tijd geen probleem, maar na de Beeldenstorm veranderde de tolerantie. Stadsbestuurders moesten nu zelfs hun eigen burgers vervolgen. Het verzet groeide tegen Alva en het stadsbestuur, dat het Brusselse beleid uitvoerde.
Het geloof was nooit een groot probleem geweest in Enkhuizen. Zoals in zoveel steden in Holland tolereerde men de protestanten, en wanneer ze te veel risico’s namen, werden ze gewaarschuwd. Na de Beeldenstorm in 1566 en de komst van Alva was die tolerantie voorbij. Het lijkt erop dat de stadsbestuurders geen ruimte meer kregen voor hun welwillige beleid. Welwillig of gedwongen moesten de burgemeesters nu ook protestanten uit hun eigen bevolking vervolgen. Karel V en de katholieke kerk vonden dat ketterij niet tot de stedelijke jurisdictie behoorde. Ook in Enkhuizen was men het daar natuurlijk niet mee eens. Zo nam men risico door pastoor Cooltuyn, die van ketterij beschuldigd werd, te beschermen. Men moest zelfs grootinquisiteur Ruard Tapper, die van oorsprong een Enkhuizer was, bewerken. Het lukte, en Cooltuyn kon naar Emden ontkomen, waar hij een van de leidende figuren werd in de vluchtelingengemeenschap aldaar.
In 1566 stuurde de Filips II Alva naar de Nederlanden om orde op zaken te stellen. Directe aanleiding voor de benoeming van Alva was de Beeldenstorm. Alva kreeg de opdracht mee de Beeldenbrekers (Beeldenstormers) te vervolgen en bestraffen. Vrijwel direct na zijn aankomst in 1567 richtte Alva de Raad van Beroerten (=onlusten) op, die in de volksmond al snel bekendstond als ‘de bloedraad’.
De Oost-Friese stad Emden, toevluchtsoord voor gevluchte Enkhuizers en uitvalsbasis van de geuzen
Met de komst van Alva begonnen ook in Enkhuizen de vervolgingen. Burgers werden opgepakt, verbannen en hun goederen verbeurd verklaard, omdat er in hun huizen protestants gepreekt zou zijn, of omdat ze hun kinderen niet katholiek gedoopt hadden, of hun doden niet katholiek begraven. Ook uit Enkhuizen kwam een vluchtelingenstroom op gang. Alleen al in de winter van 1567 en 1568 maakten honderden mannen vrouwen en kinderen van het ijs op de Zuiderzee gebruik om weg te komen naar Emden. Ellert Vliechop, een fanatieke watergeus uit Enkhuizen, heeft het over ‘de bloedhonden en papisten van Enkhuizen en Amsterdam’ die hem ‘uit zijn goederen gestoten hadden, zodat zijn kinderen alleen hun kleren overhielden’.
De woede richtte zich in de jaren 1571 en 1572 niet alleen tegen Alva, de Spanjaarden of tegen de katholieke kerk. Vooral richtte het zich tegen het eigen stadsbestuur, dat min of meer wanhopig probeerde het beleid van Brussel uit te voeren. Met de toenemende onderdrukking en onvrede werd ook het verzet beter georganiseerd.