Het geloof was nooit een groot probleem geweest in Enkhuizen. Zoals in zoveel steden in Holland tolereerde men de protestanten, en wanneer ze te veel risico’s namen, werden ze gewaarschuwd. Na de Beeldenstorm in 1566 en de komst van Alva was die tolerantie voorbij. Het lijkt erop dat de stadsbestuurders geen ruimte meer kregen voor hun welwillige beleid. Welwillig of gedwongen moesten de burgemeesters nu ook protestanten uit hun eigen bevolking vervolgen. Karel V en de katholieke kerk vonden dat ketterij niet tot de stedelijke jurisdictie behoorde. Ook in Enkhuizen was men het daar natuurlijk niet mee eens. Zo nam men risico door pastoor Cooltuyn, die van ketterij beschuldigd werd, te beschermen. Men moest zelfs grootinquisiteur Ruard Tapper, die van oorsprong een Enkhuizer was, bewerken. Het lukte, en Cooltuyn kon naar Emden ontkomen, waar hij een van de leidende figuren werd in de vluchtelingengemeenschap aldaar. 

 In 1566 stuurde de Filips II Alva naar de Nederlanden om orde op zaken te stellen. Directe aanleiding voor de benoeming van Alva was de Beeldenstorm. Alva kreeg de opdracht mee de Beeldenbrekers (Beeldenstormers) te vervolgen en bestraffen. Vrijwel direct na zijn aankomst in 1567 richtte Alva de Raad van Beroerten (=onlusten) op, die in de volksmond al snel bekendstond als ‘de bloedraad’.

Met de komst van Alva begonnen ook in Enkhuizen de vervolgingen. Burgers werden opgepakt, verbannen en hun goederen verbeurd verklaard, omdat er in hun huizen protestants gepreekt zou zijn, of omdat ze hun kinderen niet katholiek gedoopt hadden, of hun doden niet katholiek begraven. Ook uit Enkhuizen kwam een vluchtelingenstroom op gang. Alleen al in de winter van 1567 en 1568 maakten honderden mannen vrouwen en kinderen van het ijs op de Zuiderzee gebruik om weg te komen naar Emden. Ellert Vliechop, een fanatieke watergeus uit Enkhuizen, heeft het over ‘de bloedhonden en papisten van Enkhuizen en Amsterdam’ die hem ‘uit zijn goederen gestoten hadden, zodat zijn kinderen alleen hun kleren overhielden’.
De woede richtte zich in de jaren 1571 en 1572 niet alleen tegen Alva, de Spanjaarden of tegen de katholieke kerk. Vooral richtte het zich tegen het eigen stadsbestuur, dat min of meer wanhopig probeerde het beleid van Brussel uit te voeren. Met de toenemende onderdrukking en onvrede werd ook het verzet beter georganiseerd.

Voordat Enkhuizen in mei 1572 de zijde van Oranje koos waren de watergeuzen al een aantal keer van plan geweest de stad te veroveren. De voorgenomen invasies van 1568, 1570 en 1571 liepen op niets uit. Het is niet altijd even duidelijk wat de oorzaken van deze mislukkingen zijn geweest. Wellicht moeten we ze zoeken in de strategie van Willem van Oranje en Lodewijk van Nassau of in het eigengereide optreden van de watergeuzen.

Stadhouder Bossu bleef waakzaam, ondanks dat admiraal François Boshuizen op 23 juni 1571 de watergeuzen voor Emden een gevoelige nederlaag toe bracht maar bracht niet het gewenste resultaat. Vanuit Engeland opereerden ook vele watergeuzen, maar in maart 1572 gaf Koningin Elisabeth uit angst voor de macht van Spanje de in Engeland gestationeerde watergeuzen opdracht haar havens te verlaten. Lumey vertrok met een vloot van 24 schepen en een bemanning van 250 soldaten met als bestemming Enkhuizen of Emden. Ter hoogte van Egmond moesten zij door de omslaande wind terugkeren, waarna zij op 1 april zich meester maakten van de stad Den Briel. Bossu moet begrepen hebben dat de verovering van Den Briel op zichzelf stond, maar dat het werkelijke gevaar toch elders lag. Bossu verzamelde daarom bij de Ven voor Enkhuizen een aantal oorlogsschepen ter verdediging van de Zuiderzee. Hij verzocht de Spaansgezinde burgemeesters om zijn troepen toe te laten in de stad om deze op een geschikt tijdstip over te brengen naar de schepen. Daar maakten zij geen bezwaar tegen. Een groot aantal burgers tekenden echter protest aan, omdat zij bevreesd waren voor een bezetting van het Spaanse leger. 

De spanning in de stad liep op na een op het eerste gezicht onbeduidende ruzie tussen de scheepskapitein Schuylenburg en de bakker Dirk Jansz. Jansz eiste van Schuylenburg dat de gekochte broden contant betaald moesten worden, wat Schuylenburg weigerde. De ruzie liep zo hoog op dat Schuylenburg zich liet ontvallen dat er niets anders dan schelmen en geuzen in de stad woonden en hij dreigde dat het ze ‘zwaarder zal vergaan dan in Rotterdam’. Daar hadden de troepen van Alva 500 mensen vermoord. Het duurde niet lang of heel Enkhuizen was hiervan op de hoogte en dat veroorzaakte de nodige onrust. 
Intussen had een zekere hopman Quickel troepen voor de Enkhuizer poorten verzameld en doortocht naar de schepen geëist, wat opnieuw door een groep burgers werd verijdeld. De burgemeesters slaagden er echter in om gedaan te krijgen dat de hopman en zijn officieren ongewapend de stad in mochten. Deze poging om de soldaten binnen de poorten te krijgen strandde op een hardnekkige weigering van de burgerwacht.
Er ontstond een hevige woordenwisseling, waarbij de zojuist uit Emden teruggekeerde Cornelis Pieterszoon Rietlus burgemeester Wouter Simonsz de volgende woorden toe snauwde: ‘Is de stad u bevolen, regeert ze dan goed, maar dat gij ons met de bezetting van krijgslieden wilt belasten, staat ons niet aan te verdragen. Die vier of vijf jaar werkloos hebben gezeten, vinden zo’n last te zwaar.’ Woorden die kennelijk zinspelen op de werkloosheid onder vissers en schippers, die zich er ook mee gingen bemoeien. Je zou de burgemeesters gebrek aan moed kunnen verwijten, maar hun positie was dan ook niet bepaald benijdenswaardig.